NGS data를 이용한 전사체 분석은 유전자 간의 발현 차이 뿐만 아니라 Novel transcriptome 및 isoform의 발견, fusion gene등의 정보를 확인 할 수 있습니다. PacBio System을 이용한 Isoform sequencing은 Short reads 분석에서 필요한 assembly 과정 없이 5’말단에서 3’말단을 포함 하는 full-length transcripts sequencing이 되므로 다양한 isoform 분석이 가능합니다.
About 4 weeks
3ug total RNA
About 4 weeks
Total RNA/mRNA |
smallRNA |
PacBio IsoSeq |
Additional |
Data Report |
| - DEG (Differential Expressed Gene) Analysis - Transcriptome Denovo Assembly Analysis - Annotation with Various Databases (NCBI, Uniprot, GO, KEGG, InterProScan) | - smallRNA Identification Analysis | - Full- length Isoform Analysis - Error Correction Analysis - Gene Model Construction Analysis - Annotation with Various Databases (NCBI, Uniprot, GO, KEGG, InterProScan | - ncRNA Analysis - Copy Number Variant Analysis - Fusion Gene Analysis - IPA analysis - Targetscan Analysis (limited to specific species) | - Sequencing Summary - Alignment Summary - Summarizing plots - Density plot, Box plot, GSEA, Scatter plot, Volcano plot - Pathway analysis using DAVID |